A microscopic approach towards protein folding via transition networks

Goal

Etablierung eines methodischen Rahmens zur Modellierung der Konformationsdynamik von Polypeptiden. Untersuchung verschiedener Phänomene der Peptid- und Proteinfaltung. Anwendung auf ausgewählte Beispielpeptide und -proteine.

Overview

  • Einarbeitung in die Theorie über metastabile Zustände, Hidden-Markov Modelle
und klassische (makroskopische) Proteinfaltungstheorie.
  • Methoden: MD, PCCA, HMM-xxx... sollen verstanden, benutzt und (soweit noch
nicht vorhanden) sauber implementiert werden ("phase profiler").
  • Beschreibung des Phänomens "Zweizustandskinetik" im mikroskopischen Bild von
Übergangsnetzwerken
  • Untersuchung des Phänomens "kinetic partitioning".
  • Modellierung der Konformationsdynamik wenn nur wenige Observablen vorliegen
(z.B. FRET-daten). Anwendung auf experimentelle Daten, sobald diese und eine Theorie dazu vorliegen.
  • Systeme: H1 peptid (E. Lindahl, Stockholm), pin WW (T. Weikl, MPI Potsdam),
evtl. folding@home Datensätze wie z.B. Villin Headpiece und Lambda Repressor (V. Pande, Stanford).

Collaborations

  • Lindahl, Weikl, Pande, Experimentatoren (noch zu benennen).
  • 1 Theoretiker in der Arbeitsgruppe der an der Verbindung von HMM und
experimentellen Observablen (e.g. FRET efficiency) forscht (noch nicht vorhanden).
Topic revision: r2 - 15 Jun 2012, AntoniaMey
 
  • Printable version of this topic (p) Printable version of this topic (p)