AlgLecture10MaterialsWS15 ((Tree decomposition)) Lecture plan Outline of lecture Comments

http://www.mi.fu berlin.de/wiki/pub/ABI/AlgLecture10MaterialsWS14/script.pdf

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Here is all the material for the lecture 12 * Download the slides * Video on Alan Turing Comments

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Here is all the material for the lecture 13 * Download the slides * Additional material 1 : Turing machines as enumerators * Additional material 2 : Undecidable ...

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AlgLecture1MaterialsWS15 ((Introduction, types of algorithms, and basic runtime analysis part 1)) Lecture plan Outline of lecture Comments

http://www.mi.fu berlin.de/wiki/pub/ABI/AlgLecture1MaterialsWS14/script.pdf

AlgLecture2MaterialsWS15 ((Basic runtime analysis part 2)) Lecture plan Outline of lecture Comments

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Here is all the material for Lecture 3 * Download slides * Download lecture notes by A. Schrijver, CWI Amsterdam (Chap.1.1 1.3)

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Here is all the material for Lecture 4 * Download slides * Download lecture notes by A. Schrijver, CWI Amsterdam (Chap.4.2 4.4) * Some history Comments ...

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Here is all the material for Lecture 5 * Download slides * Download lecture notes by A. Schrijver, CWI Amsterdam (Chap.3.1,3.2,3.4) * Some history: Jack ...

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AlgLecture6MaterialsWS15 ((Hashing and modulo arithmetic part 1)) Lecture plan Outline of lecture Update: supplementary notes accompanying the prime arithmetic discussion ...

https://www.mi.fu berlin.de/wiki/pub/ABI/AlgLecture6MaterialsWS14/script.pdf http://colorfulengineering.org/modular inverse.pdf

AlgLecture7MaterialsWS15 ((Hashing part 2)) Lecture plan Outline of lecture Comments

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AlgLecture8MaterialsWS15 ((Skip lists part 1)) Lecture plan Outline of lecture Comments

https://www.mi.fu berlin.de/wiki/pub/ABI/AlgLecture8MaterialsWS14/script.pdf

AlgLecture9MaterialsWS15 ((short description what this page is about)) Section 1 ((content)) Section 2 ((content)) Comments

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Willkommen im Vorlesungs Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2011 News Klausurergebnisse Ergebnisse Nachklausur Allgemeine Informationen SWS ...

Willkommen im Vorlesungs Wiki Algorithmen in der Systembiologie (P3) SS 2012 News Klausurergebnisse Ergebnisse Nachklausur Allgemeine Informationen SWS ...

The code review takes place on the 22nd of February in room 010 in the Takustraße 9. Please, fill in the group number into your desired time slot. Back to programming ...

Please, send the name (given name and surname) and zedat login name of your three group members to Christopher Pockrandt via e mail. As soon as you your name appears ...

Algorithms (WiSe 2015) Welcome to the Wiki of the MSc lectures Algorithms (VL: 19400501, UE: 19400502) General Information SWS: 2 2 ECTS: 6 Lecturers: Alexander ...

Algorithms (WiSe 2016) Welcome to the Wiki of the MSc lectures Algorithms (VL: 19400501, UE: 19400502) General Information SWS: 2 2 ECTS: 6 Lecturers: Alexander ...

Page Documentation ((Dokumentation Download Links zu den verwendeten Tools.)) Python v2.6.6 7.1 * Interpreter und IDE: http://www.python.org/download/. * ...

Welcome to our Forschungsseminar wiki Organizer Prof. Dr. Alexander Bockmayr Description The Forschungsseminar is a regular (weekly) meeting of the Mathematics in ...

Willkommen zum wiki Höhere Analysis SS 2011 News Klausureinsicht (Nachklausur vom 13.10.) am 17.10., 13:30 14:00 in Raum 101, Arnimallee 6 Falls Sie den Termin ...

Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (B) SS 2011 News General Information SWS/credit hrs: 2, credits: 4 ECTS Lecturer: Alexander Bockmayr Content ...

Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (B) SS 2012 News Die Noten für das Seminar "Regulatorische Netzwerke" sind da. Wegen großer Nachfrage wird das ...

Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (B) SS 2013 News Deadline for extended abstracts: 30 September 2013 General Information SWS/credit hrs: 2, credits ...

Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (B) WS 2014/15 News Deadline for extended abstract / poster: 31 March 2015 General Information SWS/credit hrs ...

Welcome to the seminar wiki Molekulare Netzwerke WS 2015/16 News General Information SWS/credit hrs: 2, credits: 5 ECTS Lecturer: Alexander Bockmayr Language: ...

Welcome to the Lectures Wiki Metabolic Networks SS 2014 News General information SWS: 3, ECTS: 5 Lecturer: Alexander Bockmayr / Annika Röhl Language: English / ...

Welcome to the Lectures Wiki Metabolic Networks SS 2015 News General information SWS: 2 1, ECTS: 5 Lecturer: Alexander Bockmayr Tutor: Therese Lorenz Language: ...

Welcome to the Lectures Wiki Metabolic Networks SS 2016 News General information SWS: 2 1, ECTS: 5 Lecturer: Alexander Bockmayr Tutor: Annika Röhl Language: English ...

Exercise 1: Flux Balance Analysis and Flux Variability Analysis Deadline: Tuesday, 17.05.2016, 08:00 a.m. FBA Write a program that: * reads in a metabolic network ...

Exercise 2: Flux Coupling Analysis and a reducing tool Deadline: Tuesday, 31.05.2016, 08:00 a.m. FCA Write a program that: * reads in a metabolic network: a ...

Exercise 3: Shortest EFMs Deadline: Tuesday, 14.06.2016, 08:00 a.m. Shortest EFM Write a program that: * reads in a metabolic network: a struct in a .mat file ...

Exercise 4: Targeted EFMs and test Deadline: Tuesday, 28.06.2016, 08:00 a.m. Targeted EFM Use your program you wrote to find kshortest EFMs. Change it such that ...

Exercise 3: Shortest GFMs Deadline: Tuesday, 12.07.2016, 08:00 a.m. k shortest GFMs and MMBs Write a program that: * reads in a metabolic network: a struct in ...

Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2010/2011 News Klausurergebnisse General Information SWS/credit hrs: 3, credits: 6 ECTS Lecturers ...

Welcome to the lecture wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2011/12 News Results Exam General Information SWS/credit hrs: 3, credits: 6 ECTS Lecturers: Alexander ...

Willkommen zum Vorlesungs Wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2012/2013 Aktuelles Results of the examination The second exam will be held on 11 April 2013, 10:15 11 ...

Willkommen zum Vorlesungs Wiki Molekulare Netzwerke (A) WS 2013/14 News A possible new slot for the lecture is Friday 10 12. If you are interested come by either ...

Welcome to the lectures wiki Netzwerkanalyse News The oral exams will be held on Friday, 12 July 2013 (see schedule below). For the first part, see the web ...

Welcome to the Lectures Wiki Netzwerkanalyse SS 2014 News Mündliche Prüfungen: Freitag, 18. Juli 2014, ab 8.00 Uhr, R 142, A6 (Dienstzimmer Bockmayr) ...

Welcome to the Lectures Wiki Netzwerkanalyse SS 2015 News Oral exams: Friday, 17 July 2015, 8 a.m. 2 p.m., R 142, A6 General Information SWS/credit hrs: ...

Welcome to the Lectures Wiki Netzwerkanalyse SS 2017 News The oral exams will take place on Thursday, 20 July 2017, and Friday, 21 July 2017 in room 142, Arnimallee ...

Here is all the material for the lecture 11 * Download the slides * Recommended reading: article by Lustig/Puget (2001)

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Here is all the material for the lecture 12 * Download the slides

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Here is all the material for the lecture 13 * Download the slides * Recommended survey article

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Here is all the material for the lecture 14 * Download the slides * Recommended survey article

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Here is all the material for the lecture 15 * Download the slides * Additional material: Article Data

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Here is all the material for the lecture 1 * Download the slides * Additional material: Kolman/Beck, Linear programming, Chap.1.3 1.4 (click on pdf)

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Here is all the material for the lecture 3 * Download the slides

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Here is all the material for the lecture 4: * Download the slides

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Lecture wiki moved to: Optimization

Optimization (WiSe 2015) Welcome to the Wiki of the MSc lecture Optimization (VL: 19400701, UE: 19400702) General Information SWS: 2 2 ECTS: 6 Lecturers: Alexander ...

Optimization (WiSe 2016) Welcome to the Wiki of the MSc lecture Optimization (VL: 19400701, UE: 19400702) General Information SWS: 2 2 ECTS: 6 Lecturers: Alexander ...

Welcome to our Orga wiki (This page is under construction)

Wilkommen beim Wiki "Proseminar Analysis", SS 2012 Kontakt Heike Siebert Raum 101, Arnimallee 6 Sprechstunde (in der Vorlesungszeit): Mi 11:30 12:30 Ankündigungen ...

Willkommen beim Wiki "Proseminar zur Analysis", SS 2015 Ankündigungen Allgemeine Information Im Proseminar werden wir uns mit Themen aus dem Bereich der mathematischen ...

Willkommen beim Wiki "Proseminar zur Analysis", WS 2014/15 Ankündigungen Das Proseminar entfällt wegen zu geringer Teilnehmerzahl. Allgemeine Information ...

Short Overview The practical exercises for the lecture Optimization won't be programming exercises. Mostly you have to get familiar with an LP Solver, try to solve ...

Short Overview The practical exercises for the lecture Optimization won't be programming exercises. Mostly you have to get familiar with an LP Solver, try to solve ...

Aufgaben Hier findet ihr die Programmieraufgaben und evtl. zugehörige Materialien. Um den zip file mit den Netzwerken zu downloaden, klickt hier. Hier ein paar ...

Aufgabe 1: Flux Balance Analysis Deadline: Sonntag, 15.03.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat ...

Aufgabe 1a: Blocked modus beschleunigen Deadline: Mittwoch, 25.03.2015 Versuche den Blocked Modus aus Programm 1 zu beschleunigen. Tip: Wenn ich über eine Reaktion ...

Aufgabe 2: Flux Coupling Analysis Deadline: Mittwoch, 25.03.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem .mat ...

Aufgabe 3: Flux Variability Analysis Deadline: Mittwoch, 25.03.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem ...

Aufgabe 4, Gruppe 1: Gemischt Ganzzahlige Optimierung (Mixed Integer Program) Deadline: Dienstag, 31.03.2015 Bereitet einen 45 minütigen Vortrag für Montag, den ...

Aufgabe 4, Gruppe 2: Berechnung Elementarer Flussmoden mithilfe des Algorithmus von de Figueiredo Deadline: Dienstag, 31.03.2015 Bereitet einen 45 minütigen Vortrag ...

Aufgabe 5, Gruppe 1 (Hanna und Micha): Berechnung der Elementaren Flussmoden Deadline: Mittwoch, 08.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk ...

Aufgabe 5, Gruppe 2 (Melanie): Beschleunigung der FCA aus Aufgabe 3 Deadline: Mittwoch, 08.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * das das gleiche tut, wie das ...

Aufgabe 5, Gruppe 3 (Mathias): Erstellung von Hassediagrammen Deadline: Mittwoch, 08.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * das den Output der FCA benutzt und ...

Aufgabe 5, Gruppe 4 (Kateryna): Einlesen eines SBML Files Deadline: Mittwoch, 08.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein xml File einliest, welches im SBML ...

Aufgabe 6, Gruppe 1: Beschleunigung der Berechnung der elementaren Flussmoden Deadline: Mittwoch, 15.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk ...

Aufgabe 6, Gruppe 2: Berechnung von essenziellen Reaktionen Deadline: Mittwoch, 15.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk einliest: ...

Aufgabe 6, Gruppe 3: Toolbox zur Untersuchung von metabolischen Netzwerken Deadline: Mittwoch, 15.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk ...

Aufgabe 6, Gruppe 4: Minimale Anzahl von Reaktionen, maximales Wachstum Deadline: Mittwoch, 15.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk ...

Aufgabe 7: Kopplungen von Metaboliten Deadline: Mittwoch, 22.04.2015 Schreibe ein Programm, dass: * ein metabolisches Netzwerk einliest: Einen struct in einem ...

General information for programming exercises * Please, fill in the names of your group members here, before the programming exercises start. * Each group gets ...

Welcome to our Research Wiki This page is still under construction.

Page RotBlau ((short description what this page is about)) Section 1 ((content)) Section 2 ((content)) Comments

Page SWP11Tests ((short description what this page is about)) Python Tests. * import subprocess * import networkx NuSMV Tests. * Anhang test_nusmv.smv ...

Willkommen im Wiki der Soft Skills Projektgruppe "Einführungswoche für Erstsemesterstudierende der Bioinformatik" News 02.11.2010 Geiger: 2. November Beginn ...

Welcome to the seminar wiki Soft Skills WS 2010/2011 News Die Projektabschlussvorträge finden am Dienstag, den 8. März 2011, von 8.30 12.30 Uhr in Raum 005 ...

Welcome to the seminar wiki Soft Skills WS 2011/2012 News Die Projektabschlussvorträge finden am Freitag, den 24.2.2012, ab 9.30 Uhr in SR 108/09, A6, statt. ...

Willkommen zum Soft Skills Wiki WS 2012/2013 Allgemeine Informationen Dozenten: Alexander Bockmayr, Heike Siebert Sprache: Deutsch Zeitraum: 15.10.2012 bis 16.02 ...

Welcome to the seminar wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Regulatorische Netzwerke SS 2011 News 17.3.2011: Link to protected wiki: https://mathlife.mi.fu ...

Welcome to the seminar wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Metabolische Netzwerke SS 2012 News Allgemeine Informationen SWS/credit hrs: 4 1 , credits: 10 ...

Welcome to the seminar wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Metabolische Netzwerke SS 2013 News Allgemeine Informationen SWS/credit hrs: 4 1 , credits: 10 ...

Welcome to the Seminar Wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Metabolische Netzwerke SS 2014 News Allgemeine Informationen SWS/credit hrs: 4 1 , credits: 10 ...

Welcome to the Seminar Wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Metabolische Netzwerke SS 2015 News Am Dienstag den 26.05.2015 findet um 10:15 in 017/A6 der Abschlussvortrag ...

Welcome to the Seminar Wiki Projektmanagement im Softwarebereich: Regulatorische Netzwerke SS 2016 News Präsentationen: Die Präsentationen finden am Montag, den ...

Kontaktadresse: Prof. Alexander Bockmayr Ling Sun Meeting time: date (dd.mm.yyyy); time, eg. 10 14, means we will start at 10:15. Classroom: by default, we will ...

* Softwarepraktikum_LAD19.pdf: Folien der Präsentation Softwarepraktikum "Logische Analyse von Daten"

Page Tba ((short description what this page is about)) Section 1 ((content)) Section 2 ((content)) Comments

Welcome to our Lectures Wiki Lectures Winter Term 2011/2012 * Discrete Mathematics for Bioinformatics (P1) * Molekulare Netzwerke (A) * Praktikum Seminar ...

Wiki's AgMathLife web

Welcome to the Mathlife Lectures Wiki The Mathematics in Life Sciences research group is working at the interface of mathematics and structural and systems biology ...

* Mathematik * Bioinformatik * Impressum

* Main.WikiGuest example #64;your.company __ .WebChangesAlert, ., .UserRegistration

AgMathLife Web Preferences The following settings are web preferences of the AgMathLife web. These preferences overwrite the site level preferences in . and ...

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