Aufgaben
Hier findet ihr die Programmieraufgaben und evtl. zugehörige Materialien.
Um den zip-file mit den Netzwerken zu downloaden, klickt
hier.
Hier ein paar
Beispielnetzwerke. Die EFMs findet ihr auch im struct.
Hier findet ihr das Beispielnetzwerk
Illusnet und die zugehörige
Grafik.
Hier findet ihr das Beispielnetzwerk
metab_net und die zugehörige
Grafik.
Hier findet ihr das Beispielnetzwerk
fully_par und die zugehörige
Grafik.
Aufgabe 1: Flux Balance Analysis
Deadline: Sonntag, 15.03.2015
Aufgabe 1a: Blocked-modus beschleunigen
Deadline: Mittwoch, 25.03.2015
Aufgabe 2: Flux Coupling Analysis
Deadline: Mittwoch, 25.03.2015
Aufgabe 3: Flux Variability Analysis
Deadline: Mittwoch, 25.03.2015
Aufgabe 4, Gruppe 1: Gemischt Ganzzahlige Optimierung (Mixed Integer Program)
Deadline: Dienstag, 31.03.2015
Aufgabe 4, Gruppe 2: Berechnung Elementarer Flussmoden mithilfe des Algorithmus von de Figueiredo
Deadline: Dienstag, 31.03.2015
Aufgabe 5, Gruppe 1: Berechnung Elementarer Flussmoden mithilfe des Algorithmus von de Figueiredo
Deadline: Mittwoch, 08.04.2015
Deadline: Mittwoch, 08.04.2015
Deadline: Mittwoch, 08.04.2015
Deadline: Mittwoch, 08.04.2015
Aufgabe 6, Gruppe 1: Beschleunigung der Berechnung der Elementaren Flussmoden
Deadline: Mittwoch, 15.04.2015
Aufgabe 6, Gruppe 2: Berechnung von essenziellen Reaktionen
Deadline: Mittwoch, 15.04.2015
Deadline: Mittwoch, 15.04.2015
Aufgabe 6, Gruppe 4: Minimale Anzahl von Reaktionen, maximales Wachstum
Deadline: Mittwoch, 15.04.2015
Deadline: Mittwoch, 22.04.2015