Welcome to the Lectures Wiki Netzwerkanalyse SS 2014

News

Mündliche Prüfungen: Freitag, 18. Juli 2014, ab 8.00 Uhr, R 142, A6 (Dienstzimmer Bockmayr)

General Information

SWS/credit hrs: 2+2+2 , credits: 10 ECTS

Lecturer: Alexander Bockmayr, Martin Vingron

Language: Englisch

Ziel: Das Ziel der Veranstaltung ist das Kennenlernen grundlegender mathematischer und algorithmischer Konzepte im Bereich der Modellierung, Simulation und Analyse molekularer Netzwerke im Rahmen der algorithmischen Systembiologie. Die Studierenden lernen eine biologische oder medizinische Fragestellung zu analysieren, zu gegebenen Daten einen passenden Modellierungsansatz auszuwählen und umzusetzen, sowie die Ergebnisse zu beurteilen und zu kommunizieren.

Inhalte: Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:
- Modellierung biochemischer Netzwerke mit gewöhnlichen Differentialgleichungen
- Diskrete Modellierung regulatorischer Netzwerke
- Constraintbasierte Modellierung metabolischer Netzwerke
- Stochastische und hybride Modellierung

Dates

  Time Location
Lecture Friday 10 - 12 Arnimallee 6 SR 025/026
Exercise Friday 12 - 14 Arnimallee 6 SR 025/026
Seminar Monday 10 - 12 Takustr. 9 SR 051

Lecture Schedule (FU Part)

Date Lecturer Topic Lecture Material Aditional Material
14 April 2014 Bockmayr Introduction to systems biology Slides Article
18 April 2014 Holiday      
21 April 2014 Holiday      
25 April 2014 Bockmayr
Bockmayr
Continuous modeling: reaction networks,
phase plane analysis
Slides
XPP Software
Lecture Notes E. Sontag
(Chapt. 1.6, 1.4)
28 April 2014 Bockmayr Continuous modeling: stability analysis Slides Lecture Notes E. Sontag
(Chapt. 1.2)
02 May 2014 Bockmayr
Röhl
Continuous modeling: stability analysis
Exercises
Exercises  
05 May 2014 Bockmayr Continuous modeling: bifurcation analysis Slides Lecture Notes E. Sontag
(Chapt. 1.9)
09 May 2014 Bockmayr
Röhl
Discrete modeling: Thomas formalism
Exercises: Bifurcation analysis
Slides
Exercises
Online book
12 May 2014 Forgo
Misircova
Continuous modeling: Seminar   Paper1 Paper2
Cell Cycle Page
16 May 2014 Bockmayr
Bockmayr
Discrete modeling: Thomas formalism
Discrete vs. continuous descriptions
Slides Article
19 May 2014 Röhl Exercises Exercises GinSim
23 May 2014 Bockmayr
Bockmayr
Discrete modeling: Model checking Slides  
26 May 2014 Röhl Exercises Exercises  
30 May 2014 Bockmayr
Röhl
Constraint-based modeling
Exercises
Slides  
02 June 2014 Koch
Marschall
Discrete modeling: Seminar   Paper1 Paper2
Software
06 June 2014 Bockmayr
Röhl
Constraint-based modeling
Exercises
Slides
Exercise
 
09 June 2014 Holiday      
13 June 2014 Bockmayr
Bockmayr
Stochastic modeling Slides1
Slides2
Article
Online Lecture
16 June 2014 No lecture      
20 June 2014 Frisch
Vimalakanthan
Constraint-based modeling: Seminar   Paper1 Paper2
Software
20 June 2014 Faizi
Güttler
Stochastic modeling: Seminar   Paper1 Paper2
Software
14 July 2014 Bockmayr
Röhl
Fragestunde zur Prüfungsvorbereitung    
18 July 2014 Bockmayr
Vingron
Mündliche Prüfungen    

Materials

Systems biology

Continuous modeling

Discrete modeling

Constraint-based modeling

Stochastic modeling

Tutorial

Bitte tragt euch in die Mailingliste ein: https://lists.fu-berlin.de/listinfo/netzwerkanalyse14

Exercises:

First Exercise

Second Exercise. Löst die zweite Aufgabe und sendet mir bis Mittwoch (14.05.2014) die Lösungen zu (Screenshots der Hopfbifurcation und die Lösungen zur ersten (als PDF oder auch direkt zu mir ins Büro)).

Third Exercise. Löst die dritte Aufgabe (GinSim) und sendet mir eure Ergebnisse zu.

Fourth Exercise Löst die vierte und die fünfte Aufgabe und sendet mir eure Ergebnisse zu.

Fifth Exercise Keine Hausaufgaben, da ihr so schnell in der Übung wart. Diejenigen die nicht in der Übung waren, sollten versuchen den Zettel zu lösen und mir ihre Ergebnisse zuschicken.

Für die aktive Teilnahme gilt: Anwesenheit in den Übungen und die regelmäßige Abgabe der Hausaufgaben (50% der Gesamtpunkte)

AdditionalMaterialNetzwerk

Hier findet ihr zusätzliches Material. Solltet ihr keinen Zugriff haben, schreibt einfach eine Email eine Annika: annika.roehl@fu-berlin.de