- 5 Millionen Reads von Yuruba auf Chromosom 22 (ca. 2x35Mb)
- -id -i 98 -nc 8 -bt 1 -ws 50000
- razerMC 1.3
- Matches beinhalten Duplikate, die nicht mit ausgegeben werden.
- Die Ergebnisse sind bei allen Durchläufen die selben.
- Wenn man die durchschnittliche Anzahl an Vorkommen pro Q-gram anschaut, machen die Zahlen wider Sinn.
- Das ist auch die durchschnittliche Anzahl an Zähler-Updates pro Position auf dem Genom (Wenn man davon ausgeht, dass alle Q-Gramme gleichhäufig vorkommen)
q |
time (vom -v Output) |
# Hits |
# Matches |
Size SA |
Size Dir |
avg. occurrences per q-gram |
Counter updates |
10 |
2916.18 sec |
570120 |
402424 |
452468198 |
3096520 |
146.12 |
245 003 655 595 |
12 |
1016.7 sec |
639620 |
402419 |
442523842 |
22805513 |
19.40 |
104 970 670 496 |
13 |
795.827 sec |
685353 |
402278 |
437551664 |
56514991 |
7.74 |
76 610 363 545 |
14 |
589.848 sec |
809517 |
402422 |
432579486 |
127427545 |
3.39 |
57 145 890 389 |
15 |
593.362 sec |
809558 |
402444 |
427607308 |
216799535 |
1.97 |
43 049 728 178 |
16 |
509.865 sec |
895494 |
402237 |
422635130 |
278532183 |
1.51 |
32 711 054 223 |
20 |
334.809 sec |
1477766 |
402261 |
402746418 |
325527341 |
1.23 |
11 658 271 148 |
26 |
244.903 sec |
5938837 |
401655 |
372913350 |
319558279 |
1.16 |
2 799 531 934 |
31 |
248.21 sec |
40972893 |
402349 |
348052460 |
307512044 |
1.13 |
925 661 742 |
- Auf Tanne
- Reference: chr22.fa
- Reads: SRR006387.fastq_1.00000
- Alle Zahlen sind der Durchschnitt über fünf Läufe
load factor \ q |
11 |
14 |
16 |
18 |
20 |
23 |
1.6 |
1141.5546 sec |
1054.7052 sec |
1052.3232 sec |
1110.0328 sec |
1156.2738 sec |
1072.6208 sec |
|
182129471 bytes |
282587278 bytes |
278167718 bytes |
273910546 bytes |
269557786 bytes |
262442787 bytes |
1.8 |
1152.848 sec |
1060.4944 sec |
1052.4912 sec |
1093.1852 sec |
1135.5734 sec |
1060.883 sec |
|
182129471 bytes |
297368290 bytes |
292479494 bytes |
287753074 bytes |
282931078 bytes |
275112219 bytes |
2.0 |
1165.0036 sec |
1037.6656 sec |
1067.0084 sec |
1102.4408 sec |
1174.4214 sec |
1089.7512 sec |
|
182129471 bytes |
312149290 bytes |
306791258 bytes |
301595602 bytes |
296304370 bytes |
287781651 bytes |