Page ThesisMCRazerQgrams

  • 5 Millionen Reads von Yuruba auf Chromosom 22 (ca. 2x35Mb)
  • -id -i 98 -nc 8 -bt 1 -ws 50000
  • razerMC 1.3
  • Matches beinhalten Duplikate, die nicht mit ausgegeben werden.
  • Die Ergebnisse sind bei allen Durchläufen die selben.

  • Wenn man die durchschnittliche Anzahl an Vorkommen pro Q-gram anschaut, machen die Zahlen wider Sinn.
    • Das ist auch die durchschnittliche Anzahl an Zähler-Updates pro Position auf dem Genom (Wenn man davon ausgeht, dass alle Q-Gramme gleichhäufig vorkommen)

q time (vom -v Output) # Hits # Matches Size SA Size Dir avg. occurrences per q-gram Counter updates
10 2916.18 sec 570120 402424 452468198 3096520 146.12 245 003 655 595
12 1016.7 sec 639620 402419 442523842 22805513 19.40 104 970 670 496
13 795.827 sec 685353 402278 437551664 56514991 7.74 76 610 363 545
14 589.848 sec 809517 402422 432579486 127427545 3.39 57 145 890 389
15 593.362 sec 809558 402444 427607308 216799535 1.97 43 049 728 178
16 509.865 sec 895494 402237 422635130 278532183 1.51 32 711 054 223
20 334.809 sec 1477766 402261 402746418 325527341 1.23 11 658 271 148
26 244.903 sec 5938837 401655 372913350 319558279 1.16 2 799 531 934
31 248.21 sec 40972893 402349 348052460 307512044 1.13 925 661 742


  • Auf Tanne
  • Reference: chr22.fa
  • Reads: SRR006387.fastq_1.00000
  • Alle Zahlen sind der Durchschnitt über fünf Läufe

load factor \ q 11 14 16 18 20 23
1.6 1141.5546 sec 1054.7052 sec 1052.3232 sec 1110.0328 sec 1156.2738 sec 1072.6208 sec
  182129471 bytes 282587278 bytes 278167718 bytes 273910546 bytes 269557786 bytes 262442787 bytes
1.8 1152.848 sec 1060.4944 sec 1052.4912 sec 1093.1852 sec 1135.5734 sec 1060.883 sec
  182129471 bytes 297368290 bytes 292479494 bytes 287753074 bytes 282931078 bytes 275112219 bytes
2.0 1165.0036 sec 1037.6656 sec 1067.0084 sec 1102.4408 sec 1174.4214 sec 1089.7512 sec
  182129471 bytes 312149290 bytes 306791258 bytes 301595602 bytes 296304370 bytes 287781651 bytes
Topic revision: r6 - 15 Apr 2010, mriese
 
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