Backlinks to ReadMapper in the ABI web
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AssignmentWeek1
in ABI
General information for programming exercises * Each group gets access to a svn directory at https://svn.mi.fu berlin.de/agbio/advancedAlgo/SS12/GroupX (Groups…
AssignmentWeek2
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Sign up at ProgrammingGroupList for one of the exercises on Tuesday 15th and Wednesday 16th Exercise 2 Read mapping with QUASAR Deadline: 23.05.2012 9:00 a.m. Im…
BScReadRealignment
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BScReadRealignment Comparing short read realignment algorithms. Background Read alignment is a crucial step for the analysis of Next Generation Sequencing (NGS) …
BowtieBwaComparison
in ABI
Ich habe mir schon einmal ein paar Gedanken zu meinem Projekt gemacht und würde gerne einen Vergleich von bwa Burrows Wheeler Alignment Tool und dem Bowtie ans…
DfgWorkPackages
in ABI
Page DfgWorkPackages This is the list of work packages from the DFG project. Design and verification of a suitable model for cross species genome compari son (...
DraftS
in ABI
Drafts * Rabema * RazerS2 * RazerS2Revision * Read Mapper Benchmarks * Fiona * Stellar * SearchJoin
JournalClubSS11
in ABI
Page JournalClubSS11 Welcome to the Wiki of the Journal Club In this seminar we will present original work in Computational biology as well as progress reports fr…
KnimeSec
in ABI
General info n this part of the Practical course sequence analysis you will be confronted with the situation of integrating several NGS analysis programs (which …
PMSB_Seqan_2010
in ABI
Projektmanagement im Softwarebereich Seqan 2010 Das ist die vorläufige Wiki Seite zum Praktikum Projektmanagement im Softwarebereich Seqan. Aufteilung auf di…
PMSB_Seqan_2014
in ABI
Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2014 (19588a und 19588b) * Einführung in Software Engineering am Freitag entfällt leider! Dies ist die Wiki Seite z…
PMSB_Seqan_2016
in ABI
Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2016 (19401511 (S) und 19401513 (P)) Dies ist die Wiki Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" S…
PMSB_Seqan_2017
in ABI
Projektmanagement im Softwarebereich, SoSe 2017 (19401511 (S) und 19401513 (P)) Dies ist die Wiki Seite zum Praktikum "Projektmanagement im Softwarebereich" S…
PSMB_Seqan_2014_SNP_caller
in ABI
PSMB_Seqan_2014_SNP_caller Hintergrund Die häufigste und kleinste mögliche genomische Variation ist der Single Nucleotide Polymorphism. Nach dem Mapping von Read…
PSMB_Seqan_2014_large_insertd
in ABI
PSMB_Seqan_2014_large_insertd Hintergrund Lange Sequenzstücke, die im Donor aber nicht in der Referenz enthalten sind, lassen sich nur schwer mit einzelnen Reads…
PSMB_Seqan_2014_mapper
in ABI
PSMB_Seqan_2014_mapper Hintergrund Der erste Schritt ein einer Pipeline zur Analyse von Genomvarianten ist das Read Mapping. Dabei soll für jeden NGS Read eigent…
PSMB_Seqan_2014_small_indels
in ABI
PSMB_Seqan_2014_small_indels Hintergrund Neben SNPs sind kleine Insertionen und Deletionen (indels) eine Klasse wichtiger genomischer Varianten. Für die Suche so…
PSMB_Seqan_2016_p3
in ABI
PSMB_Seqan_2016_p3 Hintergrund Der erste Schritt ein einer Pipeline zur Analyse von Genomvarianten ist das Read Mapping. Dabei soll für jeden NGS Read eigentlich…
Razers2Revision
in ABI
Page Razers2Revision General Points TODO: Wait for evaluation of Hobbes on human, execute class, update tables. Manuel : Section S5 was updated to reflect the u…
ReadLengthSplicing
in ABI
Mich hat es interessiert zu wissen wie viele exons wir tatsächlich verlieren, wenn wir nicht auf die spliced reads achten würden. Bzw wie sich diese verteilung än…
RnaSeqP4
in ABI
Page RnaSeqP4 This is the project page of the RNA Seq group. Students Mail an alle Gruppenmitglieder: AA2010SS RNASeq bei lists.spline.de Name email Cori…
SeqAn
in ABI
General info n this part of the Practical course sequence analysis you will be confronted with the situation of prototyping NGS analysis programs with an availab…
SimpleBowtie
in ABI
Simple Bowtie Bowtie ist ein "ultrafast and memory efficient" Read Mapper 1 der auf der Burrows Wheeler Transformation (BWT) basiert. Die BWT eines Textes T ist…
ThesesHome
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Theses Page OUTDATED! Go to: https://kvv.imp.fu berlin.de/x/8RK4cp Available topics * If you are interested in doing your thesis in algorithmic bioinformatic…
ThesisAnnoAlign
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Page ThesisAnnoAlign Brief overview Next generation sequencing methods have given rise to a whole new set of algorithmic problems. Using the principles of huge a…
ThesisMCRazerWeeklyReports
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Page ThesisMCRazerWeeklyReports Week 1 (25.1.) * Q gram index with open hashing Week 2 (1.2.) * Adapt mapRead functions to parallelism * Overview over …
ViralIntegration
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The data for this project comes from the company febit. The goal is to: 1. Develop a local read mapper for color spaced reads. 2. To apply it to find viral …
WebStatistics
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Statistics for ABI Web Month: Topic views: Topic saves: File uploads: Most popular topic views: Top contributors for topic save and uploads: …
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