Praxismodule Applied Sequence Analysis

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Times and rooms

Rooms and timings

Event	Day	Time	Address	Room
Modul	Wednesday	10-14	Arnimallee 6	R 017

Schedule

Date	Lecture
10.04.-24.04.	Big Data (Tim Conrad)
08.05.-29.05.	Parallel Computing (Tim Conrad)
05.06.-12.06.	The SeqAn C++ library (Knut Reinert)
19.06.-10.07.	Workflow engines (Knut Reinert)

Material

• Anand Rajaraman and Jeffrey D. Ullman. Mining of Massive Datasets Cambridge University Press, 2011.
• Hadoop book
• Examples from Hadoop book

Requirements for Aktive Teilnahme

Course details

• Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten können Standardprogramme im Bereich der Sequenzanalyse selbstständig benutzen. Sie kennen die verschiedenen Konzepte und sind in der Lage, ausgewählte Systeme zu bedienen und zu programmieren. Die Studentinnen und Studenten können neue Workflows konzipieren und die Ergebnisse grafisch aufbereiten.

• Inhalte: Es werden vertieft Themen aus folgenden Gebieten behandelt:
  • Implementierungen von verteiltem Rechnen
  • Einbinden von Standardprogrammen in Workflows
  • Erstellen und Anwenden von Bioinformatik Workflows in bestehenden Systemen

• Zeitaufwand
  • 15 Wochen
  • SWS: 4h
  • Präsenzzeit: 60h
  • Vor- und Nachbereitung: 70h
  • Prüfungsvorbereitung und Prüfung: 20h