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ChIP Seq Motivanalyse Konzept Bei der ChIP Seq Analyse werden die genomweiten Bindungsstellen von Transkriptionsfaktoren dadurch identifiziert, dass man die Tran…

In diesem Praktikum geht es um die Erstellung von Software, um die Bindungsstellen von Transkriptionsfaktoren in DNA Sequenzen zu identifizieren und die Auswirkun…

OUT OF USE! Go to: https://kvv.imp.fu berlin.de/portal/ * SS 2018 * PMSB SeqAn * SS 2017 * PMSB SeqAn * SS 2016 * Journal Club * …

PISB SeqAn Projekt Normalised Edit Distance Hintergrund: Normalisierte Edit Distanz Die Edit Distanz ist ein Standarddistanzmaß für Sequenzalignments, Mappings…

Repeat Masking Repeats in DNA Sequenzen sind ein häufig beobachtetes Phänomen. Insbesondere in den ersten Schritten der Genome Analyse verursachen sie Probleme, d…

PISB SeqAn Projekt RNA Seq: Mapping von RNA reads mit MSplazer Hintergrund: Mapping von RNA reads Im Gegensatz zum Whole Genome Sequencing, wo ein kompletter…

PISB SeqAn RNA Seq Read Simulator Hintergrund: RNA Seq Simulation Simulierte Daten leisten wichtige Dienste bei der Entwicklung, Fehlersuche und Bewertung von …

PISB SeqAn Teilprojekte Segment Aligner Hintergrund: Hierarchisches Genomalignment Um das Alignment ganzer Genome zu ermöglichen, werden in der Regel zunächst …

Simple Bowtie Bowtie ist ein "ultrafast and memory efficient" Read Mapper 1 der auf der Burrows Wheeler Transformation (BWT) basiert. Die BWT eines Textes T ist…

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