Projektmanagement im Softwarebereich - SeqAn 2012

Das ist die vorläufige Wiki-Seite zum Praktikum Projektmanagement im Softwarebereich - SeqAn.

Teilnehmer

Name	mail
Ann Jenny Bartels	jenny_ann@arcor.de
Arsene Ngouambe	arsenew@zedat.fu-berlin.de
David Meyer	david.meyer@fu-berlin.de
Erik Volkmer	volkmer@mi.fu-berlin.de
Florian Siemer	florian.siemer@fu-berlin.de
Radostina Misirkova	tina86@zedat.fu-berlin.de
Sascha Wißmann	wissmann@mi.fu-berlin.de
Vishalini Vimalakanthan	vishalini.vimalakanthan@fu-berlin.de

Aufteilung auf die Teilprojekte

Name	Teilprojekt
Vishalini Vimalakanthan	1. Repeat Masking: Repeat Masking mit Hilfe eines q-gram Index (Singer)
Florian Siemer	2. Normalized edit-distance (Trappe)
Jenny Bartels	3. Segment-Aligner a): Rekursionsende (Kehr)
N.N.	4. Segment-Aligner b): rekursiver Aufruf (Kehr)
Sascha Wißmann	5. Simple Bowtie: Simple Bowtie (Singer)
N.N.	6. RNA-Seq: Lange transkript reads simulieren (Holtgrewe)
Arsene Ngouambe	7. RNA-Seq: Mapping von RNA reads mit MSplazer (Trappe)
N.N.	8. Bindungsstellen für Transkriptionsfaktoren (Robinson, Bauer)
David Meyer	9. ChIP-Seq analayse (Robinson, Bauer)

Zeitplan

30.03.2012	14 Uhr	Vorbesprechung
10.04.-13.04.2012	9-18 Uhr	SeqAn-Tutorial, Aufteilung der Teilprojekte
24.04.2012	14 Uhr	Vorstellung der Projektpläne
25.05.2012	23:59 Uhr	Abgabe des Abschlussberichts
29.05.2012	10-18 Uhr	Vorstellung der Ergebnisse; 12-14 Uhr Mittagspause

Alle Termine finden im Bioinformatik-Pool statt.

Zeitplan der Tutorial-Woche vom 10.04. - 13.04.

10.04.2012	09-12 Uhr	Einführung in Softwareengineering	Björn Kahlert
	14-16 Uhr	Einführung in Softwareengineering	Björn Kahlert
	16-18 Uhr	SeqAn Setup	Jochen Singer
11.04.2012	09-12 Uhr	SeqAn Basic Steps	Manuel Holtgrewe
	13-18 Uhr	SeqAn Tutorial: I/O and Sequences	Manuel Holtgrewe
12.04.2012	09-13 Uhr	SeqAn Tutorial: Alignments	Anne-Katrin Emde
	14-18 Uhr	SeqAn Tutorial: Indices	Jochen Singer
13.04.2012	09-13 Uhr	SeqAn Tutorial: Graphs	Birte Kehr
	14-16 Uhr	Test Driven Development	Björn Kahlert, Manuel Holtgrewe
	16 Uhr	Aufteilung der Teilprojekte	alle

Entwicklungsumgebungen IDEs

Wir unterstützen im Rahmen dieses Praktikums die folgenden Entwicklungsumgebungen / Betriebssysteme.

Windows	Visual Studio 2010, Download über MSDN Academic Alliance des Fachbereichs.
Linux	Makefiles mit GCC oder LLVM/CLANG 3.0
Mac Os X	XCode 3 bis 4.2 , NICHT 4.3.x, ebenso bitte cmake 2.8.4 NICHT 2.8.7

Subversion Repository

• Das Repository befindet sich unter https://svn.mi.fu-berlin.de/sandbox_psmb12/${USER}/trunk.
• Ein kleines Tortoise SVN Tutorial.

Einrichtung von SeqAn für das Praktikum in Kurzform:

• SeqAn auschecken: http://svn.mi.fu-berlin.de/seqan/trunk/seqan nach SeqAn-Verzeichnis (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
• Die Sandbox des Benutzers ${USER} auschecken nach SeqAn-Verzeichnis/sandbox/${USER}. (Tortoise SVN: Verzeichnis im Explorer erstellen, dann Rechtsklick und "Tortoise SVN Checkout...")
• Build Verzeichnis build erstellen, z.B. parallel zu Seqan-Verzeichnis
• Im build Verzeichnis das erste mal cmake ../Seqan-Verzeichnis ausführen. Danach reicht ein cmake . im build Verzeichnis.

Abhängigkeiten

Wir brauchen für SeqAn neben den Entwicklungsumgebungen (s.o.) die folgenden Softwarepakete: Subversion, CMake. Python wird empfohlen, wir brauchen Python 2.X, nicht Python 3.

Windows

• CMake Windows Installer
• Python Windows Installer
• TortoiseSVN Windows Downloads

Mac Os X

• Install the XCode Tools through the App Store

Linux

• z.B. auf aktuellem Ubuntu: sudo apt-get install subversion cmake python2.7

Vorlagen für Abschlussbericht und Präsentationen

• Latex Template

Der Abschlussbericht soll detailliert auf 2-3 Seiten darstellen welches Problem bearbeitet wurde, wie es gelöst wurde, welche Schwierigkeiten aufgetreten sind und welche Ergebnisse erreicht wurden. Falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

• PPT Template

Die Abschlusspräsentation sollte 30 Minuten (wie in der Prüfungsordnung beschrieben) dauern und vorstellen, was Sie in den 300 Stunden des Praktikums getan haben. Dazu gehört eine kurze Einführung in die Thematik. Diese sollte sich jedoch auf das wesentliche beschränken, sodass Sie noch genug Zeit haben auf den Schwerpunkt Ihres Praktikums, also die Problemlösung und Implementierung, einzugehen. Sie sollten berichten welche algorithmischen Probleme bestanden und wie diese mit Hilfe von SeqAn umgesetzt wurden. Sie sollen außerdem auf Probleme eingehen die sich erst im Laufe des Praktikums herausgestellt haben, welche ihren Ursprung in der Implementierung oder aber auch Planung hatten. Wie bereits für den Abschlussbericht gilt, falls Teile der Aufgabe nicht gelöst wurden, beschreiben Sie die Gründe dafür. Sehen sie noch Potential für die Verbesserung des Algorithmus?

Formular für regelmäßiges progress meeting

• progress meeting

Links

• Homepage von SeqAn: Hier gibt es alle Informationen sowie aktuelle Snapshots der Bibliothek zum herunterladen.
• SeqAn Dokumentation: Die Doku des letzten SeqAn-Releases.
• SeqAn Nightly-Dokumentation: Die aktuellste Version der Doku.
• SeqAn Tutorial: Einführung in verschiedene Module von SeqAn mit Übungsaufgaben.
• SeqAn Trac: System für Fehlerreports in SeqAn und direkter Einblick in den aktuellen Entwicklungsstand des Projekts. Hier könnt ihr Fehler melden, wenn ihr welche gefunden habt.