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Willkommen im Wiki der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik!

News

Die Einsicht in die Nachklausur findet am Donnerstag den * 3. Mai um 14:00 Uhr im Büro von Prof. Reinert statt. *

• 20.3.2012 (Reinert): Die zweite Klausur findet am Freitag, dem 13. April 2012, von 12.15 bis 13.45, in SR 006 Takustrasse 9 statt.
• Statt einer ordentlichen Vorlesung findet am 13.02. ein Wiederholungstutorium mit Möglichkeit zur Einsicht in den Review statt.
• Am 9. März 2012 besteht die Möglichkeit des Besuchs der Sequencing- und der Proteomicsabteilung des Max-Delbrück-Centers in Berlin-Buch.

Besuch in Berlin-Buch

Wir treffen uns am Freitag den 9.3. um 14:55 im Foyer des Timoféeff-Ressovsky Hause auf dem Campus Buch (siehe google maps und Campus Plan). Wer von Dahlem aus zusammen fahren will kommt um 13:25 zur U-Bahn Dahlem Dorf.

Wir werden im MDC:

• einen Vortrag von Dr. Christoph Dieterich über die Bioinformatik Gruppe dort hören.
• Die Sequenzierungsfacilitites uns anschauen
• Die Massspec facilities uns anschauen
• Einige ausgewählte Arbeiten in als Poster präsentiert bekommen

Jeder Teil dauert ca. 20 Minuten. Der Vortrag ist für alle gedacht, danach teilen wir uns in 3 Gruppen auf, die im Wechsel die andere drei Punkte gezeigt bekommen.

Alles in allem dauert es also 1:20.

Klausur

Vorläufige Klausurergebnisse

Am 16. März 2012, 10:00 - 11:00 kann die Klausur im Büro von Roland Krause, MPI für Molekulare Genetik, Ihnestr. 73, Turm 2, 3. Stock, Abteilung Vingron, Raum 343 (am Empfang nachfragen) eingesehen werden.

Die Ergebnisse der Nachklausur:

Vorläufige Klausurergebnisse 2

Die Einsicht für die Nachklausur findet am Donnerstag den 3. Mai um 14:00 Uhr im Büro von Prof. Reinert (T9 Raum 012) statt.

Lecture schedule

Im folgenden finden Sie die thematischen Blöcke der Vorlesung und wenn sie diese anklicken Skripte und weitere Materialien.

Block	Date
Gene expression analysis (Roland Krause)	02.01.-09.01.
HMMs and EM algorithm (Knut Reinert)	02.11.-07.11.
Genome Assembly (Knut Reinert)	05.12.-14.12.
Gene finding and motif search (Knut Reinert)	09.11.-16.11.
RNA analysis (Knut Reinert)	11.01.-18.01.
Wiederholungstutorium	13.02.
Examination	15.02.2011
Phylogenetische Analyse (Roland Krause)	17.10.-31.10.
Read mapping and the BWT (Knut Reinert)	21.11.-28.11.
MS based Proteomics (Knut Reinert)	23.01.-25.01.
Protein Structure (Roland Krause /Wolbers)	30.01.-08.02.
Review 1	30.11.

Bedingungen zur Aktiven Teilnahme

Alle Übungen müssen eingereicht und zu 100% bearbeitet werden. Es ist ausreichend, wenn aus der Lösung erkennbar ist, dass das Problem bearbeitet wurde. 75% der Übungen müssen erfolgreich abgeschlossen werden.

Ebenso müssen in den beiden Reviews insgesamt 50% der Punkte erreicht werden.

Reviews

Es wurden zwei Reviews geschrieben, nämlich am 1. Dezember 2011 und am 2. Februar 2012. Sie dienen der Klausurvorbereitung.

2. Review und Gesamtergebnis Die letzten 4 Ziffern Ihrer Matrikelnummer dienen als Identifier.

1. Review

Übungen

Die Gruppeneinteilung fand zum 1. Übungstermin, dem 18. Oktober, 10 Uhr statt. Wenn Sie noch keiner Übungsgruppe zugeordnet sind, sind Sie dem dritten Tutorium, dienstags 16-18 Uhr zugeordnet. PDF.

Vorlagen für die Übungsblätter. (Beispielgrafik, kompiliertes PDF)

Eine Übersicht über die noch verbleibenden Übungen gibt folgende Tabelle:

"Nr"	Ausgabe	Abgabe	Vorbesprechung	Themen
6	28.11.	8.12.	29.11.	Read mapping, BWT
	5.12.	15.12.	6.12.	Praktikum
	12.12.	5.1.	13.12.	Praktikum
7	2.1.	12.1.	3.1.	Genome Assembly
8	9.1.	19.1.	10.1.	Gene expression analysis
9	16.1.	26.1.	17.1.	RNA analysis
10	23.1.	2.2.	24.1.	MS based Proteomics
11	30.1.	9.2.	31.1.	Protein Structure

Praktikum

Das Praktikum findet als Blockpraktikum vom 5. bis 16. Dezember statt.

Zuteilung Praktikum

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