Algorithmic Bioinformatics

Simulation von multiplex MS-Spektren

Academic Advisor: Chris Bielow , Sandro Andreotti
Discipline: Bioinformatik
Degree: Bachelor of Science (B.Sc.)
Project:
Status: not assigned

Abstract

Erweiterung eines Simulators für Massenspektrometrie-Daten zur Unterstützung von verschieden Labelling-Verfahren.

Contents

 

Übersicht

Massenspektrometrie (MS) ist eine Schlüsseltechnologie für die Identifikation und Quantifizierung von Proteinen/Peptiden in Analyten (z.B. Blut, CSF, Urin). Zur Validierung der im Rahmen unserer Softwarebibliothek OpenMS entwickelten Algorithmen wurde ein Simulator für solche MS-Daten entwickelt, der es erlaubt MS-Maps aus FASTA-Sequenzdateien für verschiedene Szenarien (e.g. Control vs Cancer) zu generieren. Der Simulator soll nun um die Fähigkeit erweitert werden bestimmte Labelling-Verfahren (iTRAQ, SILAC, ICAT) zu untersützen, die es erlauben mehrere Proben gleichzeitig zu messen.

 

Aufgabe

Kurzes Einlesen in die Literatur zu Labelling-Verfahren und anschließende Implementation in C++ von iTRAQ (wenn Zeit bleibt evtl. weitere). Validierung der erzeugten Daten durch bereits vorhandene Algorithmen in Open