Algorithmic Bioinformatics

Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik

(19700)

Type

Vorlesung + Übung+Praktikum

Instructor

Knut Reinert

Credit Points

12

Start

Oct 18, 2012 | 02:00 PM

Student Profile

Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester.

Times and Rooms:

Vorlesung:

Do

14-16

Takustr. 9

SR 005

Übung I:

Di

10-12

Arnimallee 7

SR 140

Übung II:

Di

14-16

Takustr. 9

K40

Übung III:

(bis 7.12.)

Mi

12-14

  Arnimallee 6

SR 031

Übung III:

(ab 15.12.)

Do

8-10

Takustr. 9

K40

Praktikum:

Do (ungerade)

12-14

Takustr. 9

SR 006

Tutorium I:

Di (gerade)

12-14

Arnimallee 6

SR 017

Tutorium II:

DI (gerade)

14-16

Arnimallee 6

SR 017

 

ACHTUNG: Die Kommunikation für die Vorlesung wird in einem Wiki-Bereich stattfinden.

In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, Endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, Multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt.

 

Literatur

Generelle Bücher:

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  •  David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4

mehr im Wiki.