Algorithmic Bioinformatics

Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik

ACHTUNG: Die Kommunikation für die Vorlesung wird in einem Wiki-Bereich stattfinden.

 

In der Vorlesung werden folgende Inhalte behandelt: Exaktes und approximatives String Matching, Dynamische Programmierung und Scoring Schemata, Endliche Automaten und formale Sprachen, paarweises und multiples Alignment, Multiples String Matching, Grundlagen von Markovketten und Hidden Markov Models, Algorithmen zur schnellen Suche in Sequenz-Datenbanken.

In den Übungen werden die erarbeiteten Inhalte vertieft und Analyse- und Beweistechniken eingeübt.

Im Praktikum wird zunächst eine Einführung in Programmierwerkzeuge und die verwendete Programmiersprache gegeben. Danach werden programmiertechnische Fertigkeiten anhand der in der Vorlesung besprochenen Algorithmen erklärt und vermittelt.

Wichtiger Hinweis: Das Modul "Programmierkurs C++" (19615) ist Teil dieses Kurses.

 

 

(19700)

Type

Vorlesung + Übung+Praktikum

Instructor

Knut Reinert, Enrico Siragusa

Homepage

https://www.mi.fu-berlin.de/w/ABI/AlDaBiWS11

Credit Points

12

Time

Vorlesung:
Do
14-16
Takustr. 9
SR 005
Übungen:
Di
10-12
Arnimallee 7
SR 140
 
Di
14-16
Takustr. 9
K40
 
Mi
10-12
  Takustr. 9
SR 006
Praktikum:
Do (ungerade)
12-14
Takustr. 9
SR 006
Tutorium:
Di (gerade)
12-14
Arnimallee 6
SR 017
 
DI (gerade)
14-16
Arnimallee 6
SR 017

 

Start

Oct 20, 2010 | 02:00 PM

Student Profile

Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester.

Literature

Generelle Bücher:

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  •  David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4

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