Algorithmic Bioinformatics

Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik

Die Vorlesung gibt eine Einführung in grundlegende algorithmische Techniken und Datenstrukturen für Strings und Graphen. Dabei stehen bioinformatische Fragestellungen im Vordergrund.

(19700)

Type

Vorlesung + Übung

Instructor

Knut Reinert

Time

Lectures:
Do
14-16
Takustr. 9
SR 005
Exercises:
Di
10-12
Arnimallee 7
SR 140
 
Di
 14-16  
  Takustr. 9
SR 055
 
Mi
10-12
  Takustr. 9
SR 055

 

Student Profile

Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester.

Literature

  • Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8
  • R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
  •  David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7
  • Chao, Zhang: Sequence comparison, Theory and Methods: Springer, ISBN: 978-1-85800-319-4

 

ACHTUNG: Weil die Webseite immer mehre Stunden zur Aktualisierung braucht. gibt es einen Wiki-Bereich, wo sie auch Infos zur Vorlesung finden können, und zwar hier.

Termine:

Beginn Vorlesung: 15.10

Beginn Übungen: 20.10

1. Klausur: tbd.

2. Klausur: tbd.

Review 1: 10.12. during the lecture time!

Review 2: 04.02. during the lecture time!

Slides & Scripts  

Die Folien der Vorlesung werden jeweils vor der Vorlesung ins Netz gestellt. Zusätzlich gibt es am Anfang jedes Kapitels eine Liste, in der die Quellen und Hintergrund-Literatur zum jeweiligen Thema zu finden sind.

In diesem Jahr werden wir uns an den folgenden Büchern orientieren.

Chao, Zhang: Sequence Comparison sowie

Durbin, Eddy, Krogh: Biological sequence analysis

(siehe auch Literatur weiter unten)

1. Vorlesungsblock String matching String Matching.pdf
2. Vorlesungsblock Alignments Alignments.pdf
3. Vorlesungsblock FASTA FASTA.pdf
4. Vorlesungsblock BLAST, Aho-Corasick blast.pdf
5. Vorlesungsblock Quasar (q-gram counting) quasar.pdf
6. Vorlesungsblock Multiples Alignment Multiple alignment
7. Vorlesungsblock Formale Sprachen Languages and Automata
8. Vorlesungsblock Hidden Markov Modelle Hmms.pdf

 

Übungen

1. Exercises_1.pdf

2. Exercises_2.pdf

3. Exercises_3.pdf

4. Exercises_4.pdf (p1-supplements.zip)

5. Exercises_5.pdf

6. Exercises_6.pdf

 

Reviews

Ergebnisse Review 1:

xxx041 71
xxx353 67
xxx831  84
xxx177 75
xxx480 72
xxx025 72
xxx290 89
xxx304 57
xxx655 59
xxx530 27
xxx920 56
xxx471 70
xxx571 69
xxx583 68
xxx177 69
xxx596 45
xxx938 33
xxx657 58
xxx241 51
xxx301 59
xxx571 68
xxx727 81
xxx795 65
xxx987 76
xxx315 67
xxx470 70
xxx132 71
xxx773 45
xxx814 89
xxx136 53
xxx797 65
xxx897 41
xxx601 69
xxx675 68
xxx870 58
xxx094 70
xxx374 72
xxx185 71
xxx884 69
xxx985 47
xxx212 71
xxx487 77
xxx104 71
xxx347 71
xxx123 56
xxx370 49
xxx695 64
xxx671 85
xxx835 68
xxx391 36
xxx170 54
xxx145 57
xxx171 43
xxx174 62

Ergebnisse Review 2:

xxx870  51

xxx094  59

xxx487  39

xxx212  52

xxx471  48

xxx583  40

xxx884  39

xxx938  21

xxx814  81

xxx470  56

xxx920  34

xxx170  57

xxx132  84

xxx657  65

xxx675  77

xxx171  41

xxx987  45

xxx136  60

xxx230  58

xxx571  42

xxx353  26

xxx655  44

xxx145  33

xxx671  86

xxx480  58

xxx177  65

xxx985  38

xxx347  80

xxx571  54

xxx795  69

xxx727  73

xxx831  45

xxx530  22

xxx391  55

xxx596  25

xxx177  70

xxx897  50

xxx835  69

xxx104  84

xxx123  65

xxx695  48

xxx241  41

xxx290  80

xxx025  77

xxx304  39

xxx315  67

xxx174  65

xxx797  45

xxx374  65

xxx601  59

xxx185  44

xxx301  36

xxx041  22

 

Ergebnisse Klausur 1:

xxx2596 24 5.0
xxx9870 49 3.3
xxx9136 46 3.7
xxx2077 49 3.3
xxx1655 45.5 3.7
xxx6835 71.5 1.7
xxx571 54 3.0
xxx2290 79.5 1.3
xxx8301 37 5.0
xxx480 60 2.7
xxx5920 39 4.0
xxx7171 23 5.0
xxx1471 48.5 3.3
xxx938 29.5 5.0
xxx1170 31.5 5.0
xxx7304 47 3.7
xxx6487 69 2.0
xxx2657 63 2.3
xxx5132 77.5 1.3
xxx6104 70.5 2.0
xxx1391 35 5.0
xxx8704 32.5 5.0
xxx5795 63 2.3
xxx8987 62.5 2.3
xxx9185 33 5.0
xxx9094 36 5.0
xxx6571 62.5 2.3
xxx4177 50 3.3
xxx5985 24 5.0
xxx2041 51 3.3
xxx4123 44.5 3.7
xxx4884 49 3.3
xxx8601 23 5.0
xxx241 23 5.0
xxx671 83 1.0
xxx1695 60.5 2.7
xxx6212 68 2.0
xxx2025 59.5 2.7
xxx7727 59 2.7
xxx4374 67 2.0
xxx8177 50 3.3
xxx7814 0 5.0
xxx1347 69.5 2.0
xxx9230 0 5.0
xxx831 0 5.0
xxx7353 0 5.0
xxx7470 17 5.0
xxx2897 18 5.0
xxx7797 26 5.0
xxx6675 74 1.7

Ergebnis Klausur 2:

 

xxx2596 49 3.7
xxx7171 34.5 5.0
xxx938 36 5.0
xxx1170 56 3.0
xxx1391 42 4.0
xxx9185 37 5.0
xxx9094 63 2.7
xxx5985 30 5.0
xxx8601 67 2.3
xxx241 41 4.0
xxx7814 79 1.7
xxx831 70 2.0
xxx7353 43 4.0
xxx7470 65 2.3
xxx7797 45.5 3.7
xxx1885 26 5.0
xxx2145 48 3.7
xxx5583 56.5 3.0
xxx7315 78 1.7
xxx1530 34 5.0