Algorithmic Bioinformatics

Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik

Die Vorlesung gibt eine Einführung in grundlegende algorithmische Techniken und Datenstrukturen für Strings und Graphen. Dabei stehen bioinformatische Fragestellungen im Vordergrund.

(19543)

Type

Vorlesung + Übung

Instructor

Knut Reinert

Time

Lecture:

Thu

14-16 

Takustr. 9

SR 005 

Exercises:

Wed 

10-12

Takustr. 9

SR 055

 

Tue 

10-12

Arnimallee 3  

SR 130

 

Tue 

14-16 

Arnimallee 6  

SR 007/

008

 

Student Profile

Pflichtveranstaltung für die Studenten im Bachelorstudiengang Bioinformatik, 3. Semester.

Literature

Die Folien der Vorlesung werden jeweils vor der Vorlesung ins Netz gestellt. Zusätzlich gibt es am Anfang jedes Kapitels eine Liste, in der die Quellen und Hintergrundliteratur zum jeweiligen Thema zu finden sind. Hier sind drei Bücher, die gut als Einführung geeignet sind (diese befinden sich auch im Handapparat der Fachbereichsbibliothek):

Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, Cambridge, MA, 2004. ISBN 0-262-10106-8

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison: Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3

David B. Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001. ISBN 0-87969-608-7

 

 

Allgemeine Informationen zur Vorlesung und Übungen

Prüfungen

Die zweistündige Vorlesung wird durch eine Prüfung abgeschlossen und bewertet.

Für die Klausur sind Taschenrechner erlaubt!

 

Skript

  1. Alle Infos der Einführung
    intro.pdf
     
  2. Stringmatching
    stringmatching.pdf
     
  3. Pairwise Alignment
     
  4. Blast
     
  5. Languages
     
  6. Hidden Markov Models
     
  7. Clustering
     
  8. Expectation Maximization
     
  9. Multiple Alignment

 

Übungen

Die Tutoren sind Herrn Paul Pyl und Herr Michael Bartel.

 

Übungsblätter

 

  1. Übung:
    A1.pdf

  2. Übung:
    A2.pdf    aldabism-data.tar.bz2      aldabism-data.tar.gz     aldabism-data.zip 

 

Aktive Teilnahme

Die beiden Übungsklausuren (Reviews) finden statt: