Algorithmic Bioinformatics

V+Ü Advanced Algorithms for Bioinformatics (P4)

(19590)

Erster Review am 29.05. im Tutorium

Type

Vorlesung + Übung

Instructor

Knut Reinert, Sandro Andreotti

Credit Points

4 + 4

Time

Lectures:
Mon
14-16
Takustr. 9
SR 006
 
Fri
14-16
Takustr. 9
SR 005
Exercises:
Fri
 12-14  
Arnimallee 3  
SR 119

 

Student Profile

MSc students of Bioinformatics: In the new "Studienordnung": Pflichtmodul P4.

Termine:

Beginn Vorlesung: 17.4.

Klausur: 29.06.09 // 14-16 // Taku 9, SR 006

Nachklausur: tbd.

Review 2: 26.06.09 im Tutorium

Code Review der Praktikumsaufgaben: tbd.

Abgabe der Praktikumsberichte: beim Codereview

Wöchentliches Praktikumstreffen: tbd. - Anwesenheitspflicht!

 

Slides & Scripts  

  1. script-01-Orga-HorspoolWuManber.pdf

  2. script-03-ShiftOrUkkonenBitVecMyers.pdf

  3. script-04-05-FilteringPEXQuasar.pdf

  4. script-06-FastFilteringSWIFT.pdf

  5. script-06a-2ndGenerationSequencing.pdf

  6. script-07-SuffixArrays.pdf (additional material here)

  7. script-08-PairwiseMatchRefinement.pdf

  8. script-09-MultipleMatchRefinement.pdf  (slides here)

  9. script-10-Chaining.pdf

  10. script-11-MotifFinding.pdf

  11. script-12-RNAComparative.pdf

 

Exercises

Each week the students have to work through their assignments. It is not necessary to hand in the solutions. However, we strongly encourage to solve the problems for yourself. The week after the assignments the solutions are discussed in the exercises.

 

Exercises-01.pdf

Exercises-02-03.pdf

Exercises-04.pdf

Exercises-05.pdf (sol. ManberMyers)

Exercises-06.pdf (ex.3)

Exercises-07.pdf

Exercises-08.pdf

 

 

Results Exam 1:

Mat: Note
xxx9164 2,3
xxx9924 4,0
xxx1559 3,7
xxx1934 1,0
xxx348 2,3
xxx7240 1,0
xxx5896 1,7
xxx9510 2,0
xxx6568 1,3
xxx6541 2,3
xxx3097 1,3
xxx869 1,7
xxx1361 2,3
xxx5406 3,0
xxx085 1,3
xxx1450 1,3
xxx4609 2,3
xxx5602 3,0
xxx2442 3,0
xxx4013 2,7

 

 

 

Reviews

There will be two reviews to check whether you worked through the exercise assignments. Students have to pass those reviews in order to have their "aktive Teilnahme" confirmed!

 

review1.pdf

results_review1.pdf

review2.pdf

 

 

Praktikum 

Regeln

Die Teilnehmer bearbeiten die Themen in Gruppen. Zum Ende des Praktikums muss jede Gruppe ihr Programm kurz vorführen und Fragen dazu beantworten ("Code Review"). Jeder Teilnehmer muss während des Code Reviews anwesend sein und Fragen zum Programm beantworten können.

Außerdem fertigt jede Gruppe einen Abschlussbericht an, der auf ein bis zwei Seiten die Problemstellung, die gewählte Lösung sowie die Ergebnisse zusammenfasst. Der Abschlussbericht wird spätestens zum Zeitpunkt des Code Reviews abgegeben.

ThemenListe.pdf