Research:

• Genome analysis
• High-Throughput Sequencing
• Full-Text Indexes
• External Memory Algorithms
• Parallel and GPU Programming

 

Publications:

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Teaching:

SS14

• Sequence Analysis

WS13/14

• Genomics

SS13

• Sequence Analysis

SS11

• Advanced Algorithms in Bioinformatics (P4)

WS10/11

• Praktikum zu Algorithmen und Datenstrukturen für Bioinformatik
• PMSB Programmierwerkzeuge und Umgebungen

SS10

• C++ für Fortgeschrittene
• Projektmanagement im Softwarebereich "SeqAn"
• Begleitseminar zu Projektmanagement im Softwarebereich "SeqAn"

WS09/10

• PMSB Programmierwerkzeuge und Umgebungen

SS09

• Projektmanagement im Softwarebereich "SeqAn"
• Begleitseminar zu Projektmanagement im Softwarebereich "SeqAn"
• Girls Day

 

Supervised Theses:

Master theses:

• David Iwanowitsch: Paralleles Erzeugen von Indexstrukturen, 2014
• Sascha Meiers: Implementation of LAST and Gapped Suffix Arrays in SeqAn, 2014
• Sabrina Krakau: Developing a BS-seq analysis workflow for genomic variation and methylation level calling, 2013
• Kyanoush Yahosseini: Precalculated Mapping Quality Scores, 2013
• Singer, Jochen: Design of a Wavelet Tree Based FM-Index for Biological Sequences in SeqAn, 2012
• Märker, René: Genomes per E-Mail, 2011
• Langner, Lars: Myers Bit-Vector Algorithm on GPU for Seqan, 2011
• Riese, Martin: Parallelization of RazerS, 2010
• Pyl, Paul. Incremental Substring Indices, 2009

Bachelor theses:

• Heeger, Felix: Suffix Tree Based Palindrome Detection, 2009
• Hauswedell, Hannes: BLAST-like Local Alignments with RazerS, 2009
• Krakau, Sabrina: Overlap Module for NGS Pipeline, 2009
• Rose, Alexander: Heuristiken zum Suffix-Array-Aufbau mit Quicksort, 2007